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之前我们分享过一些Nature子刊的回复信案例，本期我们继续总结了近期3篇已发表论文的公开审稿意见，供大家参考哦~
1 案例一
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29747-x#peer-review
审稿人1“目前有一种感觉，作者对分析类型做了一些挑选，以显示最符合假设的结果。”
作者回复:
In the initial submission, we used a combination of IPA, PANTHER and STRING as each of these tools has their advantages and limitations and we felt that they would provide a richer analysis of our dataset. For example, in original Figures 2C, 2E, 3B, 3D, IPA predicted alterations in …… Likewise, we utilized PANTHER, a GO-based bioinformatics tool which can predict……The other tool we used is STRING……
在初稿中，我们使用了IPA、PANTHER和STRING的组合，因为这些工具各有其优势和局限性，我们认为它们将为我们的数据集提供更丰富的分析。例如，在最初的图2C、2E、3B、3D中，IPA预测了……同样，我们利用PANTHER，它可以……我们使用的另一个工具是STRING……
Similarly, we used STRING for ……
类似地，由于基因数量较少，我们使用 STRING……
We now realize that using multiple tools for pathway analysis contributed to a lack of clarity and even concerns about cherry picking in the original manuscript.We apologize for this and now exclusively utilize IPA for pathway analysis in the revised manuscript.
我们现在意识到，使用多种工具进行路径分析导致原始手稿缺乏清晰度，甚至引发审稿人对“cherry picking”的担忧。我们对此表示歉意，现在在修订的手稿中只使用IPA进行途径分析。
注：“cherry picking”在这里不是指“摘樱桃”，而是指主观挑选结果的行为。
审稿人1“虽然发现非常新颖，但这篇论文严重依赖单细胞RNA序列实验。”
作者回复:
We now perform experimental validation by evaluating pathways that …… using an in vitro system in which …… are stimulated to ……in response to …….
In revised Figure 2C, we report that ……We validate these findings using western blotting in the described in vitro system in Figure 2D, demonstrating that …… are more abundantly expressed in basal cells as compared to cells undergoing squamous cell differentiation whereas GSTP1 and GSTA4 are more abundantly expressed in ……
我们现在通过使用体外系统评估……的途径来进行实验验证，在该体外系统中，刺激……以响应……。
在修订的图2C中，我们报道了……我们在图2D中描述的体外系统中使用蛋白质印迹法验证了这些发现，证明了……在基底细胞中丰富表达，而与基底细胞相比，GSTP1和GSTA4在……丰富表达。
2 案例二
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29885-2#peer-review
审稿人1“作者如何解释……方面的差异(图1C)？这有什么意义？”
作者回复:
……we find statistically significant increases …… in BCs versus LPs (p< 0.01) ……there are recent published and pre published articles that may offer insights, and we discuss these observations (lines 401 – 404).
……我们发现BCs与LPs相比，……有统计学显著性增加(p< 0.01)……
最近发表和预发表的文章可能会提供一些见解，我们讨论了这些观察结果(第401-404行)。
审稿人4“虽然作者确实表明……，但我认为他们提供了……相关性，而不是直接的因果证据。”
作者回复:
Our new experiments discovered …… at metaphase spindle poles ……(new Figure S9d, lines 224 – 226),which validates our results in ……(Figure 5h, lines 235 – 237).
Moreover, …… recovered control of ……(new Figure S9f, line 234), which agrees with our findings in …… (Figure 5i, line 237 - 239). Thus, …… is needed for…….
我们的新实验发现，在……强度升高(新图S9d，第224-226行)，这验证了……的结果(图5h，第235-237行)……此外，……恢复了……的控制(新图S9f，234行)，这与我们在……中的发现一致(图5i，237 - 239行)。因此，……是……必需的。
In a new set of experiments …… (lines 252 – 256).
This series of experiments demonstrates that …… is sufficient to induce …… (new Figure S13b) and to alter ……(new Figure S13c). Therefore, we now conclude that …… is both necessary for ……and is also sufficient to induce ……
在一组新的实验中……
这一系列的实验证明，……足以诱导……(新图S13b)并改变……(新图S13c)。因此，我们现在得出结论，……对于……是必要的，并且在没有BRCA1突变的情况下也足以诱导……
审稿人4“引言，第63-73行:不清楚作者在多大程度上描述了一般原理以及已知该机制在乳腺中起的作用(我认为参考文献21-27不是来自乳腺组织)。”
作者回复:
In the revised introduction, we clarify the literature related to more general principles (lines 61 – 62) and the prior literature analysed in the mammary gland (lines 65 – 67).
We also provide a graphical abstract to summarize our findings (new Figure S19).
在修改后的引言中，我们厘清了与一般原则相关的文献(第61-62行)和先前在乳腺中分析的文献(第65-67行)。
我们还提供了一个图形摘要来总结我们的发现(新图S19)。
3 案例三
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29066-1#peer-review
审稿人1“在日常功能甚至寿命方面，很少讨论观察到的功能变化的影响。”
作者回复:
Thank you for raising these important points. Although we agree that this discussion is warranted for the field, we do not have any prospective (or retrospective) data that have truly linked changes in cardiac structure and function to …… We believe this information is missing from the wider literature and is something we are actively beginning to address in the spinal cord injury (SCI) population. Hence, we were careful not to overstate the implications of these findings.
谢谢你提出这些重要的观点。尽管我们同意该领域的讨论是合理的，但我们没有任何前瞻性(或回顾性)数据将心脏结构和功能的变化与……真正联系起来。我们相信这些信息在更广泛的文献中是缺失的，这也是我们在脊髓损伤(SCI)人群中积极着手解决的问题。因此，我们小心翼翼地不夸大这些发现的含义。
Nevertheless, we have made some subtle changes to the manuscript to better reflect this important point.
In lines 71-77 of the introduction, we now state that……
Additionally, in lines 352-354 of the discussion, we now state that……
尽管如此，我们还是对手稿做了一些细微的改动，以更好地反映这一重要观点。
在引言的第71-77行，我们现在声明……
此外，在讨论的第352-354行，我们现在声明……
审稿人1“与人类和动物对零重力环境的适应进行比较，也将为目前的数据提供一个有用的视角。”
作者回复:
Thank you for your suggestion. We agree that a zero gravity/ microgravity environment is an interesting comparison to SCI, and has often been used in the literature …… In fact, our research team has previously compared these two conditions in a review (Scott et al., 2011, Spinal Cord).
谢谢你的建议。我们同意零重力/微重力环境与脊髓损伤(SCI)是一个有趣的对比，并且经常在文献中使用……。事实上，我们的研究小组之前在一篇综述中比较了这两种情况。
However,we believe these two conditions are fundamentally different phenomena that ……
SCI and microgravity lead to different blood redistribution in the body. ……
然而，我们认为这两种情况是根本不同的现象……脊髓损伤(SCI)和微重力导致体内血液重新分布不同……
Although we accept that long-duration space flight elicits cardiac remodeling and reduced blood volume (Perhonen et al., 2001, J Appl Physiol), which is similar to that which occurs in SCI, the fundamental mechanistic causes are different. As such we do not believe this comparison provides an important contextual contribution to our findings and have therefore chosen not to include this into our discussion. Instead, we have retained our comparison to bed rest, which we believe is a more appropriate comparison to be made.
虽然我们承认长时间的太空飞行会引起心脏重塑和血容量减少，这与脊髓损伤(SCI)中发生的情况类似，但基本的机械原因是不同的。因此，我们不认为这种比较为我们的发现提供了重要的背景贡献，因此选择不将其纳入我们的讨论。相反，我们保留了与bed rest 的比较，我们认为这是一个更合适的比较。
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编译/婷婷
参考资料：
[1] https://www.nature.com/articles/s41467-022-29747-x#peer-review
[2] https://www.nature.com/articles/s41467-022-29885-2#peer-review
[3] https://www.nature.com/articles/s41467-022-29066-1#peer-review
